Skipta má flúrljómun smásjá í tvær gerðir í samræmi við meginregluna um sjónstíg:
1. Sending flúrljómun smásjá
Eldri flúrljómun smásjá nota sviðsljósið til að vekja flúrljómun með því að koma örvunar ljósgjafanum í gegnum sýnishornið. Kostur þess er sterk flúrljómun við litla stækkun, en ókostur hans er að flúrljómun þess minnkar með aukinni stækkun. Svo það hentar aðeins til að fylgjast með stærri sýnishornum.
2. Fallandi ljós flúrljómun smásjá
Örvunarljósið fellur niður frá hlutlægu linsunni á yfirborð sýnisins og notar sömu hlutlægu linsu og lýsingarþéttinn og hlutlæga linsuna til að safna flúrljómun.
Bæta þarf tvöföldum litargeislaspilti (dichroic spegli) við sjónstíginn, sem myndar 45 gráðu horn með sjónásnum. Örvunarljósið endurspeglast í hlutlægu linsuna og beinist að úrtakinu. Flúrljómunin sem myndast af sýninu, svo og örvunarljósinu endurspeglast frá yfirborði hlutlægra linsu og þekja gler, sláðu inn hlutlægu linsuna á sama tíma og snúa aftur í tvöfalda litargeislann til að aðgreina örvunarljósið og flúrljómunina. Eftirlætisljósið er síðan lokað af frásog síunnar. Ef mismunandi samsetningar örvunarsíur, tvískiptur lita geislaskilju og hindrunar síur eru notaðar, geta þær mætt þörfum mismunandi flúrperuviðbragðaafurða.
Kostir þessarar flúrljómun smásjá eru einsleitar lýsingar á sviði, skýr myndgreining og sterkari flúrljómun með stærri stækkun.
3. Fasa andstæða smásjá
Fasa andstæða smásjá er smásjá sem getur umbreytt fasamunnum (eða sjónslóðamun) sem myndast þegar ljós fer í gegnum hlut í amplitude (ljósstyrk) breytingar. Aðallega notað til að fylgjast með lifandi frumum, óstöðluðum vefjum eða lituðum sýnum sem skortir andstæða.
Mannlegt auga getur aðeins greint breytingar á bylgjulengdinni (lit) og amplitude sýnilegs ljóss, en getur ekki greint breytingar á fasa. Flest líffræðileg eintök eru mjög gegnsær og amplitude ljósbylgjanna er í grundvallaratriðum óbreytt eftir að hafa farið í gegnum, með aðeins fasabreytingum.
Smásjá áfangans breytir í grundvallaratriðum sjónrænni slóðamun á sýnilegu ljósi sem fer í gegnum sýnið í amplitude mismuninn og bætir þannig andstæða milli ýmissa mannvirkja og gerir þau skýr og sýnileg. Eftir að hafa farið í gegnum sýnishornið gengur ljósið í ljósbrot, víkur frá upprunalegu sjónstígnum og seinkað um 1/4 λ (bylgjulengd). Ef munur á sjónstígnum er aukinn eða minnkaður um 1/4 λ verður sjónrænni mismunur 1/2 λ og truflunin á milli ljósgeislanna tveggja eykst eða lækkar eftir að ásinn er sameinaður og bætir andstæða.
