Munurinn á ljós- og rafeindasmásjáum kemur fram.
Munurinn á ljóssmásjá og rafeindasmásjá er sá að ljóssmásjá getur aðeins séð ákveðna frumubyggingu, eins og frumuveggi, grænukorn, litaða litninga, hvatbera, kjarna o.fl. lítil frumulíffæri. Í stuttu máli getur ljóssmásjáin séð smásjá uppbyggingu frumna og rafeindasmásjáin getur séð undirsmásjárbygginguna.
Aðalmunurinn er stækkunin. Ljóssmásjár hafa stækkunarmörk og sama hversu stór aðdrátturinn er getur mannsaugað ekki greint hann. y(mín)=0.61*bylgjulengd)/(n*sinu) —— Jafnvel þótt n*sinu sé sökkt í olíu er hámarkið um 1,5 og afgangurinn fer eftir stærð bylgjulengdarinnar. Þess vegna er hámarks sjónsmásjáin um það bil 1000 sinnum og það er gagnslaust að þysja inn. Rafeindasmásjár nota rafeindageisla til myndatöku og bylgjulengdin er mun minni en sýnilegs ljóss, þannig að lágmarksupplausnarfjarlægð y(mín) er miklu minni. hægt er að leysa smærri og smærri smáatriði og stækkunin getur náð nokkrum milljónum.
