Í samanburði við hefðbundnar ljóssmásjár og rafeindasmásjár, hvaða þættir takmarka upplausnarkraft frumeindakraftssmásjáa?
Leysikraftur hefðbundinna ljóssmásjáa er takmarkaður af sveiflumörkum ljóss og lágmarksupplausnarfjarlægð þess er helmingur ljósbylgjulengdarinnar. Upplausnarkraftur rafeindasmásjáarinnar er einnig takmörkuð af sveigjumörkum og lágmarksupplausnarkraftur hennar er helmingur rafeinda de Broglie bylgjulengdarinnar, þannig að rafeindasmásjáin getur náð hærra upplausnarkrafti en hefðbundin sjónsmásjá.
Leysnikraftur atómaflsmásjáarinnar veltur aðallega á: stærð rannsakandaoddsins; teygjanlegur stuðullinn á örhlífinni, því lægri sem teygjustuðullinn er, því næmari er atómkraftssmásjáin; hlutfall lengdar cantilever og lengd leysirljóss; næmni skynjarans PSD fyrir staðstöðu. Fyrir mynd með ákveðinni upplausn, því minna sem skönnunarsviðið er, því fínni er yfirborðsmyndin sem fæst.
