Samspil rafeinda við efni er grunnurinn að skönnun rafeindasmásjárframleiðslu. Auka rafeindir, auger rafeindir, einkennandi röntgengeislar og samfellu röntgengeislar, dreifðar rafeindir, sendar rafeindir og rafsegulgeislun á sýnilegu, útfjólubláu og innrauðu sviðum myndast þegar geisli af rafeindum af mikilli orku sprengir á yfirborðið efni. Grindar titringur (fónónar), rafeindasveiflur (plasma) og rafeindaholapör geta öll verið framleidd á sama tíma. Fræðilega séð er hægt að ákvarða nokkra eðlis- og efnafræðilega eiginleika sýnisins sjálfs, þar á meðal lögun þess, samsetningu, kristalbyggingu, rafeindabyggingu og innra raf- eða segulsvið, með því að nýta samspil rafeinda og efnis.
Til þess að búa til rafeindageisla með ákveðna orku, styrkleika og punktþvermál á yfirborði sýnisins gefur rafeindabyssan frá sér rafeindageisla með orku allt að 30 keV, sem er síðan minnkaður og fókusaður af samrunalinsunni og hlutlinsunni . Rafeindageislinn sem fellur til mun raster fyrir punkt skanna yfirborð sýnisins undir áhrifum segulsviðs skannaspólunnar á ákveðnum tíma og rúmi. Auka rafeindir eru spenntar frá rafeindasýninu vegna snertingar rafeindarinnar við yfirborð sýnisins. Hlutverk aukarafeindasafnarans gerir honum kleift að fanga aukarafeindir sem eru sendar frá sér í allar áttir.
og síðan knúin áfram með hröðunarrafskautinu að blásara til að breyta í ljósmerki, áður en það ferðast niður ljóspípuna að ljósmargfaldarrörinu til að gangast undir aðra umbreytingu á ljósmerkinu. að senda rafboð. Myndbandsmagnarinn magnar þetta rafmagnsmerki, sem síðan er komið á rist myndrörsins til að stjórna birtustigi þess og sýna aukarafeindamyndina sem endurspeglar yfirborðssveiflu sýnisins á flúrljómandi skjánum.
Myndgreiningarferlið sem notað er í TEM myndgreiningu, sem notar segullinsumyndgreiningu og er lokið í einu, er allt öðruvísi.
Rafeindasjónkerfið, skannakerfið, merkjaskynjunarkerfið, skjákerfið, aflgjafinn og lofttæmiskerfið eru meirihluti rafeindasmásjáarinnar. Myndin sýnir skýringarmynd af byggingu þess. Í límprófunum er oftast notuð skönnun rafeindasmásjár.
