Það eru tvær tegundir af flúrljómunarsmásjám hvað varðar sjónleiðir þeirra:
1. Sendingarflúrljómunarsmásjá: Örvunarljósgjafinn er notaður til að örva flúrljómun með því að fara í gegnum sýnisefnið í gegnum eimsvalins linsu. Einnig er hægt að nota algenga dökksviðsþykkni og venjulega er hægt að nota þykkni til að stilla endurskinsmerki til að beina og beina örvunarljósinu á sýnishornið. Þetta er tiltölulega gamaldags -flúrljómunarsmásjá. Kostur þess er sterk flúrljómun við litla stækkun en ókosturinn er sá að flúrljómun minnkar með aukinni stækkun. Þess vegna er betra að fylgjast með stærri sýnishornum.
2. Fallandi ljós flúrljómunarsmásjá er ný tegund flúrljómunar smásjá þróuð í nútímanum. Ólíkt ofangreindu fellur örvunarljósið frá hlutlinsunni niður á yfirborð sýnisins, með því að nota sömu hlutlinsuna og lýsingarþéttinn og hlutlinsuna til að safna flúrljómun. Bæta þarf tvílita geisladofara við ljósleiðina, sem er 45 gráður frá ljósu úraninu. Horn, örvunarljósið endurkastast inn í hlutlinsuna og einbeitir sér að sýninu. Flúrljómunin sem myndast af sýninu, sem og örvunarljósið sem endurkastast frá yfirborði hlutlinsunnar og hlífðarglersins, fara inn í hlutlinsuna og fara aftur í tvílita geislaskiptinn, sem aðskilur örvunarljósið og flúrljómunina. Afgangs örvunarljósið frásogast síðan af blokkandi síunni. Ef notaðar eru mismunandi samsetningar af örvunarsíum/tvílita geislaskiljum/blokkandi síum geta þær mætt þörfum mismunandi flúrljómandi hvarfefna. Kostir þessarar flúrljómunarsmásjár eru samræmd sviðslýsing, skýr myndgreining og sterkari flúrljómun með meiri stækkun.
