Það eru tvær tegundir af flúrljómunarsmásjám hvað varðar sjónleið þeirra
1. Sendingarflúrljómunarsmásjá: Örvunarljósgjafinn er látinn fara í gegnum sýnisefnið í gegnum þéttilinsu til að örva flúrljómun. Algengt er að nota dökkan sviðssafnara og einnig er hægt að nota venjulegan safnara til að stilla spegilinn þannig að örvunarljósið sé beint og framhjá sýninu. Þetta er eldri flúrljómandi smásjá. Kosturinn er sá að flúrljómunin er sterk við litla stækkun en ókosturinn er sá að flúrljómunin minnkar með aukinni stækkun. Þess vegna er betra að fylgjast með stærri sýnishornum.
2. Epi-flúrljómunarsmásjá er ný tegund af flúrljómunarsmásjá sem þróuð var í nútímanum. Munurinn er sá að örvunarljósið fellur frá hlutlinsunni niður á yfirborð sýnisins, það er að sama hlutlinsan er notuð sem lýsingarþétti og hlutlinsan til að safna flúrljómun. Bæta þarf við tvílitnum geislaskiptara í ljósleiðina, sem er í 45 gráðu fjarlægð frá ljósu úraninu. Örvunarljósið endurkastast inn í hlutlinsuna og safnað á sýnið. Flúrljómunin sem myndast af sýninu og örvunarljósið sem endurkastast af linsuyfirborði hlutlinsunnar og hlífðargleryfirborðið fara inn í hlutlinsuna á sama tíma og fara aftur í tvílita geisladofann til að gera örvunarljósið aðskilið frá flúrljómun , leifar af örvunarljósi frásogast með því að stífla síur. Svo sem að skipta yfir í blöndu af mismunandi örvunarsíu/tvílita geisladofara/blokkunarsíu, getur það mætt þörfum mismunandi flúrljómandi hvarfafurða. Kosturinn við flúrljómunarsmásjá af þessu tagi er að lýsingin á sjónsviðinu er einsleit, myndgreiningin skýr og því meiri sem stækkunin er, því sterkari er flúrljómunin.
